Cliente: "já existe um cliente com este CPF ou CNPJ"
O sistema confere se o documento já está cadastrado assim que você sai do campo, antes de salvar. A conferência vale para CPF, CNPJ e e-mail.
A verificação acontece dentro da sua empresa: outra empresa ter o mesmo documento cadastrado não interfere em nada.
Quando você está editando, o próprio registro é ignorado na conferência — reabrir e salvar um cliente que já existe nunca acusa o documento dele mesmo.
Se o aviso apareceu, é porque já existe outro cadastro com aquele documento. Busque pelo documento na listagem de clientes: o caminho certo é editar o cadastro que já existe, em vez de criar um segundo.